El 12 de julio de 1898 se creó la Comandancia de la Guardia Civil de Canarias, con cabecera en Santa Cruz de Tenerife, al mando de un comandante primer jefe y un capitán como segundo jefe. Gracias a un aumento de 3641 efectivos en la plantilla, el entonces director general del Cuerpo elevó una propuesta de distribución de efectivos y creación de nuevas unidades, entre ellas la Comandancia de Canarias, lo que permitió culminar el despliegue de la Guardia Civil en todo el territorio nacional.

La primera organización en Canarias se constituyó con una Compañía en Gran Canaria; con cuatro líneas, dos en Tenerife, una en Gran Canaria y una en La Palma; y una Sección de Caballería en Tenerife. En total, 17 puestos en todo el archipiélago. El primer contingente de guardias civiles llegó a Santa Cruz de Tenerife el 21 de noviembre de 1898, y el 15 de enero del siguiente año quedó establecida la nueva unidad.