El Mando de Fronteras y Policía Marítima, con nivel orgánico de subdirección general, a cargo de un Teniente General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, es responsable, de acuerdo con las directrices emanadas de la persona titular de la Dirección Adjunta Operativa, de la ejecución de las funciones previstas en los acuerdos del Consejo de Ministros para la Autoridad de Coordinación para hacer frente a la Inmigración Irregular y de las encomendadas por el ordenamiento jurídico a la Guardia Civil para el control de los demás flujos irregulares, teniendo entre sus funciones la de resguardo fiscal del Estado. Del Mando de Fronteras y Policía Marítima dependen las siguientes jefaturas:

• Jefatura Fiscal y de Fronteras, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, a la que corresponde organizar y gestionar el resguardo fiscal del Estado, evitar y perseguir el contrabando, el fraude y los tráficos ilícitos en el ámbito de las funciones encomendadas a la Guardia Civil, así como la custodia, control y vigilancia de las costas, fronteras, puertos, aeropuertos y los espacios marítimos en los que España ejerce soberanía y, en este último ámbito, el control de la inmigración irregular.
• Jefatura de Policía Marítima, a cargo de un Oficial General de la Guardia Civil en situación de servicio activo, encargada, a nivel nacional y en ámbito de competencias de la Guardia Civil de la dirección y coordinación de las actividades operativas de la Agencia Europea de la Guardia de Fronteras y Costas. Además, esta Jefatura contribuye, en el ámbito de sus competencias, al Centro Nacional de Coordinación (NCC) de España en EUROSUR.