El 29 de septiembre de 2014, por instrucción técnica de la Jefatura de Policía Judicial número 20/2014, sobre “Estructura de respuesta y procedimiento de actuación en materia de Agentes Encubiertos”, se creó una estructura funcional en el seno de la Unidad Central Operativa (UCO), denominada Unidad de Agentes Encubiertos (UAE).

Tras años de utilización de esta relevante figura, por parte de la Guardia Civil se constituyó la UAE, con las funciones de supervisar o asesorar a las unidades de Policía Judicial y controlar a los agentes encubiertos ajenos y realizar cometidos vinculados con el adiestramiento, formación y empleo de los agentes encubiertos propios. Además, su personal se encarga de asistir a policías extranjeras en el empleo de sus agentes encubiertos en España.

Le corresponde a la UCO dirigir, coordinar y planificar la actuación de la figura del agente encubierto en las distintas operaciones que desarrollan las unidades de Policía Judicial, y para ello se está organizando dentro de su estructura un grupo de investigaciones encubiertas.