El 5 de abril de 1969 se dio por concluida la presencia de la Guardia Civil en Guinea Ecuatorial tras abandonar el país las 2 compañías móviles que permanecieron, hasta entonces, como fuerza de reserva, compuestas por 300 efectivos a cargo del comandante Luis Báguena Salvador, las cuales protegieron y evacuaron a los cerca de 3500 colonos españoles que optaron por mantenerse en las antiguas provincias españolas del África Ecuatorial como consecuencia del proceso de independencia iniciado en  octubre del año anterior.

Con carácter previo, el 23 de marzo de 1969, el Gobierno español había ordenado la evacuación de todos los españoles que aún quedaban en Guinea Ecuatorial (oficialmente República de Guinea Ecuatorial), con motivo de la proclamación de su independencia el 12 de octubre de 1968 y ante el complicado clima social y de inseguridad que motivó que los españoles que no habían podido salir del país se resguardaran en los cuarteles de la Guardia Civil de Santa Isabel (actual Malabo) y de Bata mientras se preparaba la operación de evacuación.

El 28 de marzo de 1969 se produjo el último arriado de la Bandera de España en el territorio continental de Guinea Ecuatorial y el 13 de abril, finalizada la evacuación, el Comandante General de la Flota (COMGEFLOT) remitió un mensaje a la Fuerza: “A todos los que habéis estado en esta operación de evacuación de nuestros compatriotas y de las fuerzas españolas en Guinea Ecuatorial os traslado como felicitación el siguiente telegrama del ministro de Marina: Terminada evacuación Guinea Ecuatorial… mi más sincera felicitación por el alto espíritu en el que habéis llevado a cabo la evacuación".

Las primeras asistencias técnicas internaciones del Cuerpo de la Guardia Civil habían tenido lugar tras el proceso de emancipación de los distintos Estados hispanoamericanos. En dicho contexto, España asistió a varios países en el diseño y organización de su seguridad pública. En concreto, la Guardia Civil prestó asistencia en el ámbito de sus competencias durante los procesos de creación de cuerpos policiales similares a la Benemérita en Guatemala, El Salvador, Colombia, Costa Rica, Perú y Venezuela.

Presencia de la Guardia Civil en Guinea Ecuatorial