El Servicio Marítimo de la Guardia Civil se consitituyó en 1991, por medio del Real Decreto 246/1991, de 22 de febrero, donde se regula que las funciones que la Ley Orgánica 2/1986, de 13 de marzo, de Fuerzas y Cuerpos de Seguridad atribuye al Cuerpo de la Guardia Civil se ejercerán en las aguas marítimas españolas hasta el límite exterior del mar territorial determinado en la legislación vigente y, excepcionalmente, fuera del mar territorial, de acuerdo con lo que se establece en los tratados internacionales. Esto supuso extender a la demarcación marítima lo que la Guardia Civil venía haciendo en el ámbito terrestre.

Las primeras embarcaciones del Servicio Marítimo se entregaron en el año 1992 y prestaron servicio en la Olimpiada de Barcelona y el Exposición Universal de Sevilla. Posteriormente el despliegue se ha ido completando hasta cubrir la demarcación en la que es competente la Guardia Civil.

Desde 1997, las unidades de actividades subacuáticas de la Guardia Civil se integraron en la estructura de organización del Servicio Marítimo.

El Servicio Marítimo de la Guardia Civil tiene como misión específica ejercer las funciones policiales de carácter gubernativo, judicial, fiscal y administrativo atribuidas al Cuerpo en las aguas marítimas españolas hasta el límite exterior del mar territorial, y excepcionalmente en aguas internacionales. También realizará las misiones de carácter militar y aquellas otras que legalmente se le encomienden.

Además, es responsable de planificar y coordinar las competencias específicas de la Guardia Civil en este ámbito y en particular la vigilancia marítima, la lucha contra el contrabando y el control de la migración irregular.

Cometidos fundamentales

• Policía Judicial: Prevención y averiguación de delitos, primeras diligencias e informes.
• Resguardo Fiscal: Resguardo fiscal del Estado y las actuaciones encomendadas a evitar y perseguir el contrabando.
• Control de Fronteras: Lucha contra la migración irregular.
• Policía Administrativa: Conservación de la naturaleza y el medio ambiente, control e inspección pesquera y de embarcaciones deportivas, protección del patrimonio histórico sumergido y el control de la inmigración irregular.
• Misiones en el extranjero: Participación en aquellas misiones internacionales de cooperación policial, mantenimiento de la paz o humanitarias que se desarrollen en el ámbito marítimo.
• Colaboración y cooperación nacional: Relaciones de colaboración con otros organismos españoles con competencias en el mar, como Salvamento Marítimo, Marina Mercante, Aduanas, Medio Ambiente, Pesca y la Armada.

El Servicio Marítimo de la Guardia Civil depende de la Jefatura de Costas y Policía Marítima del Cuerpo y se estructura en:

• Jefatura del Servicio: Órgano Central ubicado en Madrid, de responsable de la dirección técnica y asesoramiento al Mando. 
• Unidad de Formación y Doctrina del SEMAR: con sede en Cádiz, ejerce como Centro de Formación Marítima de la Guardia Civil, impartiendo los cursos de especialización y actualización de los efectivos del Servicio, así como de personal de guardia Civil que deba gobernar embarcaciones y formando a  personal extranjero en el marco de la cooperación internacional".
• Grupos Marítimos: Unidades organizativas en las que se integran los Buques Oceánicos del Servicio Marítimo de la Guardia Civil.
• Servicios Marítimos Provinciales: Órganos territoriales del Servicio Marítimo que coinciden con cada provincia que cuenta con litoral, depende orgánica y funcionalmente de la Comandancia de la Guardia Civil territorial donde están ubicados y técnicamente de la Jefatura del Servicio Marítimo.
• U.A.S. (Unidad de Actividades Subacuáticas): Órgano dependiente de la Jefatura del Servicio Marítimo, a la que le corresponde ejercer las funciones y actividades encomendadas a la Guardia Civil en el medio acuático y subacuático.
• G.E.A.S. (Grupos de Especialistas en Actividades Subacuáticas): Órganos territoriales de la especialidad subacuática, dependen orgánica y funcionalmente de la Jefatura de Zona o Unidad donde estén encuadrados y técnicamente del mando de la Unidad de Actividades Subacuáticas (UAS).

Despliegue territorial

El despliegue territorial del Servicio Marítimo cubre toda la costa española, articulando diferentes Unidades.

• Grupos Marítimos: Unidades en las que se integran los Buques Oceánicos de la Guardia Civil. Tienen su base en Las Palmas de Gran Canaria (Grupo Marítimo de Canarias) y en Cádiz (Grupo Marítimo del Estrecho), y depende orgánica, funcional y técnicamente del Órgano central del Servicio Marítimo.
• Servicios Marítimos Provinciales: Unidades territoriales coincidentes con cada provincia con costa. Dependen orgánica y funcionalmente de la Comandancia donde están ubicados y técnicamente del Órgano central del Servicio Marítimo.